其頑固難治的原因主要是由於該病病因複雜，目前醫學上已明確的病因有：病原體感染、異常的盆底神經肌肉活動的共同作用、免疫因素、神經內分泌因素、尿液反流因素、遺傳因素、盆腔靜脈性疾病、氧化應激作用增強因素、前列腺液鋅含量降低與前列腺抗菌因子活性抑制因素、精神心理因素等等……。
除了上述致病因素極其複雜之外，還與前列腺所特有的解剖因素以及其社會性因素、醫源性因素及患者的自身因素有關。
因此，單純的一種藥物、一種方法、一種儀器的治療是不可能達到很高的治癒率的。
現對慢性前列腺炎頑固難治的原因簡單予以剖析：
1、前列腺的解剖位置較深，前列腺液的分泌不易順暢排出，引流不暢導致炎症不易消退；
2、因毗鄰關係慢性前列腺炎常與慢性尿道炎、膀胱炎以及精囊炎同時存在，互爲因果；
3、前列腺體表面有一層脂質包膜，所以對慢性細菌性前列腺炎來講，大多數抗生素較難透過這層包膜進入前列腺體內充分發揮抗炎殺菌的治療作用；
4、前列腺腺體人爲地被分爲五個葉，實際存在15—30條前列腺導管，對於病情持久的慢性前列腺炎，其病竈及其周圍組織常常出現纖維化甚至鈣化，導致了治療藥物難以擴散並很難充分發揮較好的療效，也導致了部分前列腺導管的通暢性不佳，造成了前列腺液的引流不暢；
5、中青年男性性興奮較強，較頻繁的性衝動可引起前列腺反覆充血，加重病情；
6、由於受一些缺乏科學性的宣傳，造成已婚男性的慢性前列腺炎患者懼怕性生活，從而缺乏有規律的性生活導致前列腺液難以規律地引流，進一步引起前列腺液淤滯和前列腺炎症的持續存在。
7、慢性前列腺炎80％以上並非因細菌感染所致病，有些臨牀醫生及一些患者卻“一味”地慣用抗生素治療慢性前列腺炎是造成其頑固難治的一個重要原因；
8、患者難以堅持規律的飲食起居習慣。很難克服飲酒、辛辣飲食、久坐（長期使用電腦、開車、騎車、打麻將等）、熬夜等不良習性，缺乏體育鍛煉等，導致患者的免疫力低下；
9、性格內向、“心眼小”，很難正確認識和麪對自己所患的疾病，難以調整出良好、積極的心態，心理負擔較大、精神始終處於高度緊張狀態，對疾病的康復難以確立信心；
10、盲目偏聽偏信“靈丹妙藥”、“高科技療法”……，未能堅持“綜合治療”的原則；
11、患者難以堅持持續治療，不按療程用藥，用藥時斷時續，“半途而廢”、“淺嘗輒止”，不能經常與醫生溝通、交流，無法根據患者的病情變化調整治療方案，造成症狀時好時壞，導致病情纏綿難愈；
12、“三甲醫院”等正規大醫院，男科常常得不到應有的重視，屬於非主流科室，常常由泌尿外科醫生簡單的予以診治，由於這些大醫院的醫生缺乏男科的專業診治知識或男科診治知識過於“老化”，“墨守陳規”或“簡單、粗陋”對待患者，可使部分患者病情持久難愈，喪失信心；
13、遇到“廣告醫院”缺乏醫德和專科技術水平“庸醫”的“濫治”、“誘導”、“誇大病情危害”……，導致病程持久、纏綿難愈、精神心理負擔進一步加重
……。
以上是本人根據這些年來的臨牀經驗，大致作出的分析和總結，也可能並不全面。
應當值得高度重視的是，近些年來導致慢性前列腺炎患者頑固難治的“醫源性因素”越來越凸現，這與男科醫療市場的混亂是密不可分的。
各種各樣的治療前列腺炎的廣告鋪天蓋地，令患者難以適從，不知取捨、難辨真假。
須知，合格、優秀的醫生在治病的前提下，首先應當先“治心”。
然而有些“廣告醫院”的“黑心”醫生，不管什麼症狀都往前列腺炎上“說事兒”，“忽悠”、“嚇唬”患者，什麼“得了前列腺炎會導致陽痿、早泄、不育，甚至會造成前列腺癌……”，對患者濫檢查、濫診斷、濫用藥、濫治療，導致了患者喪失了疾病康復的信心，甚至造成精神抑鬱、精神障礙……。