先天性發育不良是誘發腎囊腫的主要原因之一，很容易造成造成髓質海綿腎、發育不良性多囊腎病等，先天發育異常的基因一般沒有異常，因此它與基因遺傳或基因突變是有區別的。
2、基因突變
是由於各種原因引起的染色體纏身變異所導致的，一般分爲常染色體顯性遺傳和常染色體隱性遺傳，但也有的多囊腎患者既非父母遺傳，也不屬於先天發育不良性多囊腎病，而是胚胎形成時的基因突變。
3、各種感染
感染一般很容易導致患者的內分泌出現紊亂，從而產生有利於囊腫基因發生變化的環境條件，使囊腫的內部因素活性增強，這樣便可促進囊腫的生成、長大;而身體任何部位的任何感染，又會通過血液進入腎臟從而影響囊腫，如囊腫發生感染，則除了使臨牀症狀加劇外，還會促使囊腫進一步加快生長速度，並使腎功能損害加重等。
4、毒素
毒素在人體內，可以對身體的各個器官都產生傷害，如果損傷嚴重會危及生命;而一些人會出現產生基因突變、先天發育異常等現象的主要原因之一。常見的毒素諸如農藥、某些化學藥劑、放射線、污染等等。尤其需要指出，一些藥物也具有腎毒性，若使用不當則易造成腎損害。
5、飲食
如果飲食不當，很容易使患者體內的分泌出現紊亂，從而引發腎囊腫的發生。其中不當的飲食有：
(1)飲食不節，如過飢則營養不足;過飽則易傷及脾胃的消化、吸收功能並且發生氣血流通障礙;過食肥甘厚味則易化生內熱。
(2)飲食不潔，輕者易致腸胃疾病，重者發生中毒甚至危及生命。
(3)飲食偏嗜，如多食生冷寒涼，則易傷脾胃陽氣，多食辛溫燥熱則可使胃腸積熱，再有五味偏嗜，久則易傷內臟。上述幾種飲食習慣對於機體的影響是顯而易見的。它們也直接或間接地影響着囊腫性疾病的變化發展。
6、勞逸失宜
很多的患者，都是由於做一些體力工作，經常的勞累的過渡，使自身的免疫能力下降，從而導致了腎囊腫的發生。
7、情緒因素
情緒很容易引起人體的內分泌失調，從而通過神經體液作用改變人體的內環境。內環境的異常則又對囊腫造成了影響。而且不良的情緒還可使人的免疫力降低，從而有利於病菌和病毒的侵襲，從而又使囊腫受到影響。