由於胃潰瘍和十二指腸潰瘍的病因和臨牀症狀有許多相似之處，醫生有時難以區分是胃潰瘍還是十二指腸潰瘍，因此往往診斷爲消化性潰瘍，或胃、十二指腸潰瘍。如果能明確潰瘍在胃或十二指腸，那就可直接診斷爲胃潰瘍或十二指腸潰瘍。
胃潰瘍與十二指腸潰瘍的區別：
(1)發病年齡：一般十二指腸潰瘍好發於中青年，而胃潰瘍則發病年齡較遲，多發於中壯年。臨牀上十二指腸潰瘍明顯多於胃潰瘍，兩者之比約爲3∶1，均以男性居多。
(2)臨牀症狀：胃及十二指腸潰瘍均可出現規律上腹部疼痛。胃潰瘍多在餐後1/2～1小時即可發生疼痛，在下次餐前自行消失，部分病例進食後即可引起腹痛，尤其幽門管潰瘍表現更爲明顯，常伴見餐後飽脹不適或噁心嘔吐。十二指腸潰瘍疼痛多出現在餐後1～3小時，下次餐後則疼痛緩解。約半數病人有午夜疼痛。
(3)體徵：胃潰瘍發作時病人在劍突下偏左有固定而侷限的壓痛點。十二指腸潰瘍的壓痛點多在劍突下偏右，緩解時無明顯陽性體徵。
(4)胃液分析：胃潰瘍患者胃酸分泌正常或稍低於正常；十二指腸潰瘍則常有胃酸分泌過高。