多囊腎和多發性腎囊腫不是一種病。因醫學分科太細，病種繁多，的確相當多的醫生把這兩種病混爲一談。應該說區別兩者並不難：
1、病因病機方面：多囊腎是常染色遺傳病，多發腎囊腫可以是先天的（胚胎時期形成），可是創傷、炎性、腫瘤等引起。
2、家族史：多囊腎家庭成員中有類似患者，多發腎囊腫患者家族中往往無類似患者。
3、囊內容物：多囊腎內爲尿液，多發腎囊腫內是體液（似血漿），其中含紅細胞等。
4、併發症及危害：多囊腎可出現血尿、、浮腫、腎功能不全、尿毒症，多發腎囊腫一般不會出現高血壓、腎功不全等。
5、預防：多囊腎可以控制囊體發展消除症狀，多發腎囊腫控制或縮小囊體，較小者可消除。
多囊腎多由先天遺傳或後天失養，腎氣受損，絡脈不和致腎囊血水內聚的內臟囊類。多囊腎是先天性的，但早期並無任何症狀，有的病人在20-30歲出現症狀，大多數在40-50歲時出現症狀。根據醫生的經驗，症狀出現的年齡越輕越不好。
多囊腎、腎積水引起的腎臟體積改變（治療後可逐漸恢復正常）、皮質變薄、功能降低、結構紊亂等腎臟器質性病變；並可消除腰部的疼痛、畏寒、酸困、麻木、無力等症。
常見如下臨牀表現：1.腰、腹局部不適或隱鈍痛；2.血尿（鏡下或肉眼）； 3.蛋白尿和白細胞尿； 4.高血壓； 5.反覆發作尿路感染； 6.腎功能損害； 7.腎臟腫大； 8.腎外表現，包括多囊肝和顱內動脈瘤等。
多囊腎是整個腎臟長滿大大小小的囊腫，這些囊腫會隨年齡增大而長大，這樣會壓迫腎臟，使腎臟的結構受到損害，減少產生尿的腎單位數目，到後來腎臟受損害到不能維持人正常的生命，這時會出現尿毒症。
多囊腎的常見症狀是高血壓，血尿，腎臟增大，尿路感染，囊腫有出血時會腰部疼痛，感染時會腰痛，發熱，有腎積水時會腰部痠痛，合併結石時會有腎絞痛，血尿等。早期的多囊腎主要是對症治療，控制血壓和感染，中期可行治療，手術可去掉較大的囊腫，減輕對腎臟的損害，延長腎臟使用時間，晚期病人只有靠透析（如血透）來代替腎臟工作了。
如果透析後多囊腎經常出血，感染，應當開刀切除，如要做腎移植，也最好切除。多囊腎的患者平時要注意不用有腎毒性的，多飲水防止感染和結石，防止腰部受撞擊，服用有效的降血壓藥，這樣可延長腎臟生命。採用中醫藥治療，效果理想。
過去一直採用手術治療多囊腎該病，但手術不僅不能徹底治癒多囊腎，還給患者帶來新的肉體和精神上的創傷，更重要的是手術後不久，一般爲6個月左右，許多患者原有症狀又復發，而且會逐漸較過去加重，腎功能急轉直下，採用中醫中藥治療相對來說無新創傷，痛苦小，患者比較願意接受，通過用藥可以消除症狀，控制囊體發展或縮小囊體，穩定病情，使腎功能恢復正常或接近正常，達到臨牀控制之目的。因該病是遺傳病，是由基因決定的，所以，將來醫學發展了，有可能從基因方面治療本病，可以徹底治癒本病。
腎囊腫是最常見的腎臟異常，任何年齡均可發生，但2/3以上的患者見於50歲以上中老年人，被認爲是衰老的改變。腎囊腫常偶然被發現，很多患者系體檢查出，大多數腎囊腫不引起任何症狀。如引起腰部脹痛或尿頻、尿急、尿痛、尿血等泌尿系感染時，一般囊腫均較大，直徑在5cm以上。
腎囊腫的治療需因人因病情而異，不可一概而論。因爲腎囊腫發展慢，在無症狀時不損害腎臟，對健康無危害，且患者發現時一般年齡較大，因此對於無症狀的患者，即使囊腫較大也可不行治療，而採取定期複查腎臟B超；如患者腰部疼痛、排尿異常系由於腎囊腫引起，且腎囊腫直徑在5cm以上，可採取手術治療，但容易復發等。
腎囊腫傳統的手術方法包括細針穿刺和開放手術，前者系在B超指引下用長穿刺針從皮膚刺入囊腫，吸出囊液，雖然避免了開刀之苦，但穿刺後易復發；後者雖然複發率低，但患者損傷大，腰部遺留較長的手術疤痕。