人體感染甲肝病毒後，通常約有1個月的潛伏期，此時沒有症狀，之後可出現無其他原因可解釋的發燒、乏力、食慾減退、噁心、嘔吐和皮膚髮黃，有的病人有腹脹或腹瀉，尿呈褐色，大便色淺，檢查肝臟有腫大和觸痛或叩痛的體徵。肝功能檢查顯示谷丙轉氨酶(ALT)明顯異常。患者血清甲肝抗體呈陽性或滴度明顯升高。症狀輕重各異，輕症病程1-2周，重症可致數週或更長。
黃疸時期 起病急，有畏寒、發熱、全身乏力、食慾不振、厭油、噁心、嘔吐、腹痛、肝區痛、腹瀉、鳥色逐漸加深，至本期末程濃茶狀。少數病例以發熱、頭痛、上呼吸道症狀等爲主要表現。本期持續1-21日，平均5-7日。
黃疸期 自覺症狀可有所好轉，發熱減退，但尿色繼續加深，鞏膜、皮膚出現黃染，約於2周內達高峯。可有大便顏色變淺、皮膚騷癢、心動過緩等梗阻性黃疸表現。肝腫大至肋下1-3cm，有充實感，有壓痛及叩擊痛。部分病例有輕度脾腫大。本期持續2-6周。
恢復期 黃疸逐漸退，症狀減輕以至消失，肝、脾回縮，肝功能逐漸恢復正常。本期持續2周至4個月，平均個月。