慢性睾丸炎多由非特異性急性睾丸炎治療不徹底所致，也可因黴菌、螺旋體、寄生蟲感染造成，例如睾丸梅毒即較多見;既往有睾丸外傷史者，可發生肉芽腫性睾丸炎;睾丸局部或全身性放射性同位素磷照射，也可發生慢性炎症，破壞睾丸組織。
臨牀表現爲：睾丸呈慢性腫大，質硬而表面光滑，有輕觸痛，失去正常的敏感度，有的睾丸逐漸萎縮，嚴重者幾乎捫不到睾丸，但附睾相對增大。多數病例炎症由附睾蔓延至睾丸，二者界限不清。雙側慢性睾丸炎者常可造成不育。
慢性附睾炎通常無症狀，除非有急性發作的情況，此時可出現局部不適，病人可觸及陰囊內有一腫塊，附睾增厚並增大，有或無壓痛，觸診極易將附睾與睾丸區分開，精索往往增粗，有時輸精管直徑增大，前列腺變硬並有纖維化，前列腺液常可見膿細胞，尿液分析可顯示繼發於前列腺炎的感染。
慢性附睾炎比急性附睾炎多見，部分病人系急性期未能治癒而轉爲慢性。 多數病人無急性發作史而常伴慢性前列腺炎。本病臨牀表現呈多樣化，可有陰囊疼痛、墜脹感，疼痛可放射至下腹部及同側大腿內側。查體可觸及附睾輕度腫大，變硬並有硬結，局部輕壓痛，同側輸尿管增粗，慢性附睾炎常可急性發作。
結核性附睾炎與慢性附睾炎很相似，輸精管呈串珠狀，同時精囊增厚，尿液檢查爲“無菌尿”，或“結核菌尿”，由此可提示爲結核性附睾炎，膀胱鏡可見膀胱潰瘍，尿路X線檢查也可幫助診斷。睾丸腫瘤可有睾丸包塊，觸診可發現增厚變硬的附睾，感覺減退的睾丸(腫瘤)。附睾腫瘤少見，與附睾炎鑑別需依靠病理。如果慢性附睾炎爲雙側，可導致不育。