目前，通常被稱爲非淋菌性尿道炎的是指衣原體(佔40%-50%)、支原體(佔20%-30%)及一些尚不明致病病原體(佔10—20%，如陰道毛滴蟲，白色念珠茵和單純疤疹病毒)的尿道炎。在這類尿道炎中，已知其病原體的，則稱爲真菌性尿道炎和滴蟲性尿道炎等，而不再包括在非淋菌性或非特異性尿道炎之內。此類尿道炎的主要病原體是沙眼衣原體和解脲支原體。沙眼衣原體佔40%-60%，解脲支原體佔20%-40%。
衣原體爲革蘭氏陰性病原體，是一種細胞內微生物，沒有合成高能化合物ATP、GTP的能力，必須由宿主細胞提供，因而成爲能量寄生物。以目前常用的培養方法，尿道分泌物可培養出衣原體。女性病人因多數無症狀或僅表現爲白帶增多等婦科症狀，難以確定其發病率，有人估計女性病人可能爲男性的4倍。
醫院專家提醒，非淋球菌性尿道炎是性傳染性疾病之一，預防原則及措施同其他性傳染性疾病是一樣的。具體爲：
①廣泛開展性病的防治宣傳;
②對高危人羣進行篩查，對性活躍的年輕婦女通過婦科檢查和計劃生育門診等發現無症狀的感染者;
③對患者要正規治療，及時控制傳染源和防止出現併發症,在完成治療後應去醫院複查;
④對性伴侶也應做檢查和治療，在患者和性伴侶徹底治癒之前要求其避免性接觸;
⑤如症狀持續存在或症狀消失後有復發，應立即去醫院檢查;
⑥推廣使用避孕套等隔膜性工具。