肝癌晚期併發症有：第一，肝昏迷，輕度的表現爲行爲舉止異常，如夜間煩躁、隨意大小便等。肝昏迷常因上消化道大出血誘發，也可以沒有明顯誘因。第二，上消化道大出血，常因爲門靜脈高壓引起的食道胃底靜脈破裂出血，輕者表現爲黑便，重者可嘔吐出大量的鮮血，因出血大而發生休克，死亡率較高。第三，肝癌破裂出血，可表現爲突發的肝區和腹部疼痛，如果肝臟的被膜沒有破裂，出血可積聚在肝臟的被膜下，形成局部血腫；如果被膜破裂了，則多數出血量大，並形成大量的血型腹水，患者可表現出心慌、出冷汗、眼前發黑、血壓下降等休克症狀。第四，肝腎綜合徵是肝癌晚期的一種併發症，表現爲少尿、大量腹水、水腫，該併發症是肝功能衰竭後繼發性的腎功能障礙。
感染也是肝癌的常見併發症，因爲肝癌患者的免疫功能低下，加上肝功能不全，容易併發感染，常見的感染是自發性腹膜炎，患者可表現爲發熱、腹痛、近期加重的腹水，化驗可有白細胞升高，腹水混濁，腹水白細胞增多等。
不經治療的肝癌患者，總的病程大約2年半時間，其中2年時間都是在沒有症狀的早期階段，一旦出現症狀便是晚期。近年來，肝癌由過去的“不治之症”轉變爲“部分可治”，5年生存率也由2.6%提高到20.6%。空軍總醫院放療科採用伽瑪刀等現代放療手段治療治療肝癌的5年生存率爲45%。伽瑪刀治療肝癌，是通過多放射源、旋轉式聚焦，可使放射線高度集中於癌腫，而周圍劑量下降陡峭，宛如一把無形、無創、無孔不入的“濃煙”，可消滅腫瘤而不傷及無辜。