一般急慢性尿道炎積極規範的治療都可治癒，但不規範不合理的治療成爲尿道炎復發的關鍵因素，也是傳統治療的難點：
(1)致病菌耐藥。由於發病初期治療不規範，盲目用藥、破壞內環境，並造成細菌耐藥，療效不佳，時好時壞，導致持續的尿道炎發生。
(2)潛伏隱匿感染。部分微生物引起的尿道炎經抗生素治療後，因藥效和療法的缺陷細菌將進入潛伏感染狀態，在飲酒、勞累、精神緊張等因素可能誘使潛伏致病菌繁殖，從而出現症狀，即尿道炎復發。
(3)隱深部位的感染。由於致病菌隱藏於組織深層，以及潛藏於尿道隱窩，尿道旁腺等部位，使得藥物很難對其全面殺死，給康復留下了後患。同時急性尿道炎有可能伴發前列腺炎，當尿道炎治療後，仍可因來自前列腺的感染而復發。
(4)併發症的影響。如若病情反覆，長期炎性損害，造成尿路黏膜、腎盂腎盞受損、纖維化、變形，尿路梗阻、畸形影響了正常的尿液引流和治療，都給尿道炎的治療帶來影響，使得傳統的藥物治療療效不佳，治療更加困難。
(5)免疫力低下。同時有些患者免疫力低下，如合併有糖尿病、腫瘤、肝病、營養不良或其他慢性疾病，對尿道炎的治療也造成很多困難。
(6)神經過敏因素。某些尿道刺激症狀源於精神因素，是神經官能症的一種特殊表現;一些具有過敏體質的病人，抗過敏治療獲得一定療效，說明一部分病人與變態反應有關。的原因