HBV-DNA與乙肝兩對半檢查區別一：檢查對象不同
(1)HBV-DNA檢查主要是對乙肝病毒的脫氧核糖核酸進行定性定量檢查。HBV-DNA定性檢查是檢查HBV-DNA是陰性還是陽性，從而確定是否有感染性;HBV-DNA定量檢查是檢查患者帶有HBV-DNA的數量(病毒載量)，從而判定感染性的高低。
(2)乙肝兩對半檢查主要是指通過對乙肝表面抗原(HBsAg)、表面抗體(抗HBs或HBsAb)、e抗原(HBeAg)、 e抗體(抗HBe或HBeAb)、核心抗體(抗HBc或HBcAb)這五項指標的檢測來檢查是否感染乙肝及感染的具體情況，區分大三陽、小三陽。
HBV-DNA與乙肝兩對半檢查區別二：臨牀檢測意義不同
（1）HBV-DNA檢查對醫生的診斷和用藥非常重要，如果是陽性而且乙肝病毒載量很高，就必須治療，否則會發生病情變化。有的人因病情反覆，可引起肝硬化;有的則因乙肝病毒DNA和人肝細胞的DNA發生整合，會促使癌變。
（2）乙肝兩對半隻能反映體內抗原抗體的攜帶模式及在一定條件下機體的免疫情況，爲乙肝病毒感染提供間接證據。但通過檢查乙肝兩對半的各項指標，所具有的的臨牀意義也不同。例如：HBsAg(+)是乙型肝炎病毒感染的指標；HBeAg(+)是乙肝病毒在體內複製(繁殖)的指標, 提示傳染性較強；抗-HBc(+)提示體內存在HBcAg，是既往或現症感染乙肝病毒的標誌。
當不能確信自己是否感染乙肝病毒並傳染給周圍的親朋好友時，最好是在做乙肝兩對半檢查的基礎上再申請HBVDNA檢查，其結果不僅可以反映體內是否感染乙肝病毒、乙肝病毒的複製力及傳染性，並能評價和監測抗病毒藥物對慢性乙肝的療效。另外專家指出乙肝患者在抗病毒治療前進行病毒耐藥、變異檢測可以降低病毒耐藥、變異發生的機率，對乙肝治療的療效起到了很大的提升。