對於包莖，唯一的治療方法就是進行包皮環切術，而且應在早期做手術。初生男孩行包皮切除術最好，成人後再行手術，雖然不能完全避免陰莖癌的發生，但對早期病變及時診治及根治慢性包皮龜頭炎，是一種簡便有效的措施。
該病症多是採用手術的方法切開勒緊的包皮口，解除對陰莖頭的絞窄，待局部炎症消退後擇期作包皮環切術。但手術切開至局部炎症消退一般需要7天，治療時間較長。而若應用三棱針進行局部穿剌放液並配合中藥外洗治療嵌頓性包莖。治療時間平均4天，包皮、陰莖頭瘀血水腫消退，局部潰瘍者創口基本癒合。 嵌頓性包莖是由於陰莖包皮過長，開口狹窄，嵌頓性包莖如不能及時復位，可造成陰莖包皮和陰莖頭的血液和淋巴迴流障礙，出現局部瘀血和水腫。時間越長，瘀血水腫越甚，內部壓力越高，加劇了包皮狹窄環的“絞鎖”情況，最終導致局部缺血，組織潰瘍或壞死。
選擇適當的手術時機：如果包皮有急性感染，則不宜手術，應待炎症消退後做；如果包皮內有慢性炎症且長期不愈，則不論年齡大小，應趁早做手術，這樣有利炎症的控制；如果婚後因包皮過長或包莖而影響性生活，或造成不育時，也應採取手術。當然，最佳的手術時機是選擇在未出現任何繼發病變之前。
消除緊張情緒：由於手術後最初幾天傷口會有些不適，有些人擔心術後會對性功能有影響，這種想法是不必要的。一般來說，包皮環切術不會影響正常的性功能。相反，如果背上思想包袱，卻可能引起精神性功能障礙清潔生殖器：從手術前3天起，每天要用溫水或高錳酸鉀溶液泡洗生殖器。在清洗時要將包皮翻轉，暴露冠狀溝，徹底清除包皮垢。但要注意，清洗完畢應及時將包皮復位，以免造成陰莖包皮嵌頓。 術後注意事宜：術後排尿時應儘量避免弄溼敷料，如果敷料被尿液污染，就應及時更換。如果是已婚男子，手術後要注意夫婦雙方必須分居一段時間，儘量避免性衝動。
術後恢復包莖手術是門診手術，如果做的很快的話，半個多小時就可以做完了，這個手術是非常成熟的手術。包莖手術後多久能恢復？手術完了以後，一般需要7-10天左右就拆線，所以要根據具體的情況，一般7-10天左右拆線，需要患者休息一段時間，做完手術之後，肯定不應該工作，因爲工作的話會引起局部的摩擦、刺激，當然這個手術不是一個大手術，但是確實有點疼，因爲大家知道，男性晚上陰莖自然地勃起，你做完手術以後，晚上陰莖要勃起的情況下，可能把傷口撐的非常大，所以晚上可能會疼，但是手術總體來說是個小手術，問題不是很大。
包皮過長的區別包莖是指包皮不能上下翻動，包皮的口非常小。包皮過長則可用手把包皮翻開，讓龜頭露出來。從後果來講，包莖比包皮過長嚴重。主要是因爲包皮過長可以把它翻開清洗，而包莖翻不開，裏面的包皮污物可以刺激包皮組織和龜頭組織，一旦發生感染，很容易誘發包皮炎、龜頭炎，治療起來就有非常困難。所以，包莖或包皮過長都要做手術。
併發症（1）妨礙陰莖發育，影響性生活的和諧：包莖會影響陰莖的生長髮育，在青春期由於陰莖頭被包皮緊緊包住，得不到外界的應有刺激，陰莖頭的發育受到很大束縛，致使性器官發育成熟後的陰莖頭冠部的周徑明顯小，影響性快感。成年人會由於包皮過長或包莖，影響正常性生活。特別是包皮口徑過小的男人，包皮上翻不能復原，包皮緊緊卡在冠狀溝處，成嵌頓包莖，痛苦不甚。嚴重時，龜頭會因血流不暢而發生水腫，甚至可發生龜頭壞死。
（2）使陰莖發炎：包皮內有豐富的皮脂腺，能分泌大量的皮脂。包莖或包皮過長時，使包皮內皮脂腺的分泌物不能排出，皮脂和尿中的沉澱物合成乳酪狀奇臭的“包皮垢”。包皮垢適宜細菌生長，故可引起陰莖頭及包皮發炎。病菌通過尿道還可以造成尿路感染。發生在尿道口的炎症，癒合後可引起尿道口狹小，造成排尿困難。
（3）損害腎臟功能：由於陰莖發炎，可以引起尿道口或前尿道狹窄，造成排尿困難。長期排尿困難，腎臟的功能就會受到損害。
（4）有致癌的危險：包皮過長和包莖，有誘發陰莖癌的可能。現代科學研究表明，包皮垢是一種致癌物質，據調查，85%-95%的陰莖癌患者，都是包莖或包皮過長。包莖和包皮過長，不僅影響自己的身體健康，如果和妻子同房，還會把包皮垢帶入陰道，刺激子宮，誘發子宮頸癌。