1、扁桃體炎的病原體通過飛沫、直接接觸等途徑傳入，平時隱藏在扁桃體小窩內，當人體因勞累、受涼或其他原因而致抵抗力減弱時，病原體迅速繁殖而引發扁桃體炎。急性扁桃體炎症時，扁桃體實質內充血，有多形核白細胞浸潤，在粘膜表面，可見黃白色斑點。慢性扁桃體炎症的病理改變明顯，淋巴細胞、網狀細胞增生活躍，扁桃體肥大。小窩粘膜上皮增厚、表面角化過度或形成小潰瘍。小窩口因瘢痕而狹窄，其內容物難以排除，常成爲病竈。
2、急性扁桃體炎多發於兒童及青年，季節更替、氣溫變化時容易發病，勞累、受涼、潮溼、菸酒過度或某些慢性病等都是急性扁桃體炎的誘發因素。在正常人的咽部及扁桃體隱窩內存在着病原體，當某些因素使機體防禦能力降低，存在於機體內的病原體大量繁殖，外界病原體又乘虛而入，因而導致急性扁桃體炎。
3、慢性扁桃體炎多由急性扁桃體炎反覆發作或因隱窩引流不暢，而致扁桃體隱窩及其實質發生慢性炎症病變。有時也可發生於某些急性傳染病如猩紅熱、白喉、麻疹、流行性感冒之後。由於細菌、病毒的感染，導致扁桃體隱窩內有膿性分泌物，扁桃體隱窩內引流不暢，窩內病原體滋生繁殖而演變爲慢性炎症。