目前抗病毒治療是通過抑制病毒複製，進而實現真正意義上的"保護肝細胞"，降低轉氨酶的作用。抗病毒治療是最符合我國《慢性乙型肝炎防治指南》中治療目標的治療方法，按中醫的治標治本的說法，抗病毒治療是治本之法。
抗病毒治療的藥物主要有兩大類，一類是干擾素，另一類是核苷類藥物。核苷類病毒抑制比較強，口服方式方便，不良反應比較少，比較廉價；干擾素治療，不良反應較多，適用人羣比較窄，治療費用比較高，療程相對固定。每個藥物都有自己的特點、優勢和適用人羣，在抗病毒治療中恰當應用都能夠發揮明顯的作用。正確的治療應該是在充分了解到乙肝患者的病情信息、家族史、個人史情況，並且根據患者的意願選擇個性化的治療方案。
應用干擾素進行抗病毒治療是一個"有創性"的治療方法，如果肝臟損傷到一定的程度，失去了干擾素治療的最佳時機，或發現腫瘤、肝硬化失代償的患者，都適合用替比夫定(素比伏)等核苷類藥物來進行抗病毒治療。多年臨牀觀察發現，抗病毒治療爲衆多乙肝患者帶來了福音，經過正規的治療，進入肝硬化的病例明顯減少，基本上達到了乙肝治療的長遠目標。
截至目前，乙肝治療的現狀是部分乙肝患者能夠治癒而大部分病情能夠得到明顯的控制。這裏也涉及到乙肝治療的目標，對於廣大乙肝患者而言，明確自己能夠實現什麼樣的治療目標是正確治療乙肝的前提條件。我國《慢性乙型肝炎防治指南》中提到，乙肝病毒的清除或長期抑制應作爲乙肝治療的首要目標，總體上應預防肝硬化、肝癌等併發症發生，延長生存時間，提高生活質量。
在乙肝治療中很多患者常常把肝功能恢復作爲乙肝抗病毒治療的終點，抗病毒治療到什麼階段可以停藥呢？ 乙肝的治療長遠目標是保證肝臟避免受到炎症侵犯，進而向肝硬化、肝癌方向發展，保持良好肝臟的形態，保證正常的工作和學習。
目前，抗病毒治療並不是要實現肝功能正常，而是要通過抗病毒達到乙肝病毒DNA檢測不到，HBeAg和HBsAg發生轉換。抗病毒治療停藥也與用藥類型及患者抗病毒基線水平有關，並不是每個人都能夠達到徹底治癒的目標。
乙肝抗病毒治療停藥往往涉及到血清學、生化學、病毒學三個方面。進行抗病毒治療的乙肝患者，停藥的原則是：HBeAg陽性乙肝患者連續二次間隔6個月監測， HBeAg血清學轉換（HBeAg陽性轉換爲HBeAb陽性），HBV DNA檢測不到，肝功能恢復正常；HBeAg陰性乙肝患者，抗病毒治療療程更長，但若連續三次間隔6個月以上檢測HBV DNA均爲陰性，也可考慮停藥觀察。無論e抗原陽性和e抗原陰性乙肝，停藥後的需要定期監測肝功能和HBV DNA，如果出現反彈，要考慮繼續抗病毒治療。
抗病毒治療相對於中醫藥保肝治療比較系統，就是因爲在治療方法和臨牀觀察等循證醫學方面都比較科學和正規。在抗病毒治療期間，乙肝患者應保證12周隨訪一次，以便臨牀醫生制定相應的治療方案。
定期隨訪的內容包括：
① 近期生活、學習、工作情況，近期服用的治療藥物，必要時給予心理指導；
② 結合治療前和新近檢查結果，分析免疫功能，肝臟儲備、合成、代謝功能等病情情況；
③ 判斷病毒複製水平，結合治療藥物評價治療效果，預測遠期療效；
④ 通過影像學檢查肝臟形態及腫瘤監測。
定期全面、系統的隨訪有助於醫生爲乙肝患者制定出詳細的治療方案和建議，有助於從治療和保養兩個方面提高廣大患者的生活質量。
核苷（酸）類藥物相對比較安全，在抗病毒治療中的應用範圍也逐步擴大。拉米夫定的安全性和經濟性得到公認，但高耐藥率限制了其在抗病毒治療領域的廣泛應用。替比夫定(素比伏)和恩替卡韋都屬於強效抑制病毒複製的藥物，耐藥性都比較低，兩者在費用上有一定的差別，恩替卡韋較替比夫定(素比伏)略貴，替比夫定(素比伏)在HBeAg血清學轉換方面有一定的作用。此外，恩替卡韋的說明書中提到有"致癌"作用，對於有腫瘤家族史或甲胎蛋白偏高、易感因素明顯的患者，不推薦應用恩替卡韋進行治療。阿德福韋酯是一個起效慢、病毒抑制較弱、變異較低的藥物。對於病毒載量較低，經濟方面有困難的患者，可以考慮用阿德福韋酯進行治療。其缺點在於有一定的腎毒性，建議腎病史患者慎用，長期應用的乙肝患者，建議定期做腎功能檢查。
每一個藥物都有優缺點，在乙肝治療中如何揚長避短是臨牀醫生需要把握的。同時，還應該充分考慮患者的意願，如是否能夠承受相應的治療和檢查費用等等。
發現乙肝感染並不可怕，首先應瞭解自己所處的疾病狀態。如果肝功能持續正常，一般屬於乙肝攜帶者，暫時不需要治療。即使檢查發現是乙肝患者，也不要過於自卑，目前的醫療水平是完全可以控制疾病的進展的。ALT是雙刃劍也是風向標，治療時不要僅僅"盯住"轉氨酶等肝功能指標，更應關注HBV DNA水平和HBeAg。用藥要慎重，並非所有的保肝藥都是"保肝"的，沒有針對性的盲目用藥會加重肝臟的負擔，選擇適合自己的抗病毒藥物。