通常，腎結石症狀取決於結石的大小，引起梗阻的程度和有無繼發感染。在腎孟中不活的結石而又無感染時，可長期無症狀，甚至結石已引起腎功能不足時還無自覺腎結石症狀，只在攝腹部X線照片時偶然發現，但大多數患者是有症狀的。
較大的腎結石症狀，約75%腎結石患者有腰痛。在腎盂中移動度較小時，疼痛多爲鈍痛，有時是隱痛。腎結石結石較小時，在腎盂內移動度大時，容易引起腎盂輸尿管聯接部的梗阻而出現腎絞痛的症狀。腎絞痛是一種突然發生的嚴重疼痛，從腰部開始，沿輸尿管向下放射至膀胱。痛呈陣發性，一般持續數分鐘，亦可長達數小時，並有噁心嘔吐，有時病人面色蒼白，大汗淋漓，呈虛脫狀態。
腎結石第二個重要症狀是血尿，疼痛和血尿相繼出現是腎和輸尿管結石的特點；尤其是體力活動較多時，如勞動、運動、騎馬和乘車時突然發生疼痛和血尿。但血尿一般較輕，有時肉眼不能看出，但幾乎每個病例都能在顯微鏡下見到從少數到多數紅細胞，因此尿的顯微鏡檢查很重要。
一部分患者在臨牀上並無結石病的典型疼痛及血尿，而因泌尿系感染的症狀就醫。在這一類患者中如不追究引起感染的原發病因，不做泌尿系平片及靜脈泌尿系X線造影檢查，就容易忽略結石的存在。
腎結石患者偶有排出結石或小砂粒的病史，這就有助於診斷。雙側腎結石引起梗阻或患者唯一的腎（例如另一腎已切除）發生梗阻，可出現急性無尿。有時由於腎――腎反射，一例腎結石可引起對側腰痛。單側腎結石梗阻也可以引起急性無尿。
腎結石如不因梗阻引起腎積水或發生繼發感染時，體格檢查可能出現腎區叩擊痛亦可無異常所見。