,病毒性心肌炎的臨牀診斷比較複雜，其中比較常見的就是病毒性心肌炎很容易與以下疾病相混淆。臨牀上病毒性心肌炎應與以下疾病進行鑑別：
風溼性心肌炎是風溼熱的重要表現之一, 其發病與鏈球菌感染有關。因此, 風溼性心肌炎患兒發病前多有鏈球菌感染史, 如扁桃體炎、咽炎、猩紅熱等。本病的特點是: ①多發於學齡兒童和青春期, 嬰幼兒甚爲少見。而病毒性心肌炎可發生於任何年齡組, 包括新生兒、嬰兒乃至成人。②心臟受累包括心內膜、心肌和心包, 故稱全心炎, 以心內膜受累最多見, 尤其是二尖瓣和主動脈瓣。而病毒性心肌炎主要侵犯心肌, 也可累及心包, 此時稱爲病毒性心肌心包炎。累及心臟瓣膜者甚爲少見。③風溼性心肌炎主要表現爲奔馬律, 心電圖以P2R 間期延長(é 度房室傳導阻滯) 爲主, 嚴重心律失常者少見。而病毒性心肌炎多有各類早搏, 也可有不同程度的竇房阻滯、房室傳導阻滯及心動過速等。另外,風溼性心肌炎引起猝死者少見, 而病毒性心肌炎可致病兒猝死。④風溼性心肌炎的實驗室檢查可有鏈球菌感染的證據, 如抗“O ”高、C 反應蛋白陽性等。而病毒性心肌炎主要表現爲心肌酶譜異常,或與病毒感染有關的抗體滴定度升高, 免疫球蛋白異常。
2、心內膜彈力纖維增生症
心內膜彈力纖維增生症(EFE) 和心肌炎有相似之處。其病理改變主要是心內膜彈力纖維增厚, 病變可累及瓣膜、心內膜下心肌也可發生變性或壞死。本病多發生於6 個月左右的嬰兒。其臨牀表現爲心臟擴大(以左室大爲主) 和充血性心力衰竭, 可由上呼吸道感染誘發; 心電圖表現爲電壓高, 提示心房或心室大(以左室大爲主)。而病毒性心肌炎多爲低電壓和ST2T 波異常。EFE 之超聲心動圖主要表現爲心內膜反光增強、增厚, 心肌收縮無力; 而病毒性心肌炎多數表現正常,有心力衰竭時可見心腔擴大, 心肌收縮無力, 少數可見心包積液徵。
3、原發性心肌病
小兒原發性心肌病可有家族史，起病遷延, 病程長, 多以擴張型(充血性) 心肌病爲主。可有動脈栓塞現象，病毒分離陰性，血清病毒中和抗體效價無短期內增高，心電圖常有各種心律失常，較病毒性心肌炎嚴重，可出現病理性Q波等。其臨牀特點是心臟顯着擴大,X線表現爲心臟普遍擴大或呈球形, 心臟搏動弱, 超聲心動圖多顯示左房左室大、心功能減退, 也可顯示心室壁肥厚。心電圖可有電壓高、各種心律失常及非特異性的ST 2T 波改變。但晚近有更多資料表明，部分病毒性心肌炎可演變爲臨牀擴張型心肌病，某些所謂原發性心肌病可能是慢性病毒性心肌炎或心肌炎的晚期表現，以致兩者難以鑑別。
4、川崎病
本病又稱皮膚粘膜淋巴結綜合徵。其病因尚不清楚, 主要累及皮膚、粘膜和淋巴結, 多見於5 歲以內嬰幼兒。其臨牀表現爲發熱(多爲高熱, 持續5 天以上, 抗生素治療無效) , 皮疹, 結合膜炎, 口脣紅斑乾裂, 口腔粘膜炎症, 非化膿性淋巴結炎。10%～ 40% 患兒心臟受累, 主要是冠狀動脈炎, 可有心肌缺血、心肌梗塞或動脈瘤破裂致猝死。本病累及心臟時需與心肌炎相鑑別。但心肌炎通常無持續發熱, 也不會累及皮膚粘膜和淋巴結, 超聲心動圖檢查有時可發現冠狀動脈擴張和動脈瘤。
5、非病毒性心肌炎
(1)白喉所致中毒性心肌炎 此類心肌炎患兒易發生房室傳導阻滯、束支阻滯和早搏, 心力衰竭出現快,且易致心源性休克。可根據流行病學對本病做出診斷和鑑別診斷。近年來, 由於三聯疫苗的廣泛應用, 白喉的發病率已大大降低, 因而由白喉所致的心肌炎已甚爲少見。
(2)落磯山斑熱(RM SF) 由立克次體感染所致, 主要發生在美國、加拿大、墨西哥、中美洲和南非。其臨牀特徵爲頭痛、發熱和皮疹三聯徵。RM SF 由蜱傳播, 可由立克次體血管炎及血栓引起心肌炎、中樞神經系統損害、腎功能障礙、血管性虛脫、肺水腫及手足指趾壞疽。實驗室檢查可有血小板減少、血鈉低。免疫組織學檢查發現立克次體, 或由PCR 方法發現在血流中有立克次體核酸序列, 即可確診RM SF。
6、其他引起心肌損害的疾病
(1)自身免疫性疾病 包括類風溼、系統性紅斑狼瘡、結節性多動脈炎、皮肌炎、硬皮病等, 均可引起心肌損害。但此類疾病的共同特點是常累及多個器官。因此, 此類患者除心肌損害外, 尚可見關節、皮膚、腎臟、肝脾等損害。實驗室檢查可見血沉快、類風溼因子、抗核抗體陽性、狼瘡細胞陽性等。
(2)糖原累積病 主要是ê 型糖原累積病。可有心臟擴大而心臟雜音不明顯。其心電圖特點PC 是P 波高尖, P2R 間期縮短,QRS 波電壓升高。本病常侵犯骨骼肌, 故患兒常有肌張力低下。
7.β受體功能亢進綜合徵
本徵多見於年輕女性，常有一定精神因素爲誘因，主訴多易變，而客觀體徵較少，無發熱、血沉增高等炎症證據，主要表現爲心電圖ST段、T波改變及竇性心動過速，口服普萘洛爾20～30mg後半小時即可使ST段、T波改變恢復正常;而病毒性心肌炎所致ST-T改變繫心肌損害所致，口服普萘洛爾後短期內不能恢復正常。此外，β受體功能亢進綜合徵無心臟擴大、心功能不全等器質性心臟病的證據。
8.心包積液
病毒性心肌炎有時亦可累及心包，甚至心包積液，稱病毒性心肌心包炎，此時應與其他原因所致心包炎作鑑別。風溼性心包炎常是風溼性全心炎的一部分，常有風溼熱的其他表現，兩者鑑別多無困難。化膿性心包炎常有化膿性感染竈，全身中毒症狀重，血培養或心包液培養易獲陽性，抗生素治療有效。結核性心包炎多有結核病史和結核中毒症狀，較少累及心肌，也很少引起心律失常，心包液糖含量低，有時可呈血性，抗結核治療有效，若治療不當可演變爲縮窄性心包炎，而病毒性心肌心包炎一般積液量不多，很少發生心臟壓塞徵象，心包液細菌培養陰性，僅少數有可能形成縮窄性心包炎。至於腫瘤性、尿毒性心包炎，各有其臨牀特點，易與病毒性心肌炎作鑑別，不另贅述。
病毒性心肌炎注意與以下疾病相鑑別，才能避免造成誤診誤治。