正常成年男性尿道長15-18釐米，前尿道柱狀細胞是成行排列而且是單層結構，一遇感染，病菌即可由細胞間隙進入粘膜下層，引起嚴重病變。後尿道及膀胱三角區的移行上皮由於受解剖結構上的限制，不能伸縮自如，也易受侵襲。
淋病的病原體是淋病雙球菌，又叫作奈瑟雙球菌，因爲1879年該病菌由Neisseria首次分離出來。它是嗜二氧化碳的需氧菌，革蘭染色陰性，喜歡生活在潮溼的環境中，對乾燥高溫的外界環境抵抗力差。
急性期的淋病常出現尿道灼熱、疼痛、瘙癢感並有大量膿性分泌物排出，如治療不及時或不恰當，急性淋病則可轉爲慢性淋病，增加治療難度。若病情加劇，淋球菌可經血流散佈體內各部，特別是侵犯腦膜、心內膜、胸膜、肝臟、關節、皮膚組織、附睾等，甚至可形成淋菌性敗血症，危及生命，嚴重的淋病預後會出現尿道狹窄和不孕症。