治療丙肝的藥物基本上可以分爲三大類：一類是干擾素治療丙肝，一類是保肝降酶藥治療丙肝，一類是肝細胞透析療法治療丙肝。
干擾素治療丙肝是有一定效果，但是不能不注意的是，干擾素的副作用尤爲明顯，很多患者使用干擾素之後，不但丙肝沒有治好，反而誘發了其他疾病。干擾素的副作用有：出現流感樣症狀，脫髮，導致骨髓抑制，誘發甲狀腺疾病，出現神經精神反應等。另外，部分患者用干擾素治療丙肝也會失敗。因此，患者在考慮使用干擾素治療丙肝時一定要三思。
保肝降酶藥一般應用於肝功能出現異常的丙肝患者，這類藥物可以使轉氨酶迅速恢復正常，膽紅素降低，但是需要提醒的是，保肝降酶藥幾乎沒有清除病毒的功效，只能當做丙肝的輔佐治療。
肝細胞透析療法是目前治療丙肝的主流療法，這種療法代表目前丙肝治療的最高水平，擁有其他療法無可比擬的多項優勢。肝細胞透析療法結合了最新的超聲透析技術，能將抗病毒藥物直接送到肝臟局部，形成一個超高藥物濃度的封閉區，在封閉區內能有效清除病毒，並且對其他器官沒有毒副作用，是目前丙肝治療的“生力軍”。