急性扁桃體炎主要是由於細菌感染引起的，最常見的致病菌爲乙型溶血性鏈球菌，葡萄球菌，肺炎雙球菌。另外，腺病毒也可引起急性扁桃體炎。細菌和病毒混合感染也不少見。
細菌可能是外界侵入的，亦可能系隱藏於扁桃體隱窩內的細菌，當機體抵抗力因寒冷，潮溼，過度勞累，體質虛弱，菸酒過度，有害氣體刺激等因素驟然降低時，細菌繁殖加強所致。有時則爲急性傳染病的前驅症狀，如麻疹及猩紅熱等。急性扁桃體炎往往是在慢性扁桃體基礎上反覆急性發作。
慢性扁桃體炎時，隱窩內上皮壞死脫落，細菌及炎性滲出物聚集其中，隱窩可產生小潰瘍及瘢痕形成而引流不暢，適於細菌生長繁殖，故感染不易消除。屢發急性扁桃體炎，使機體抵抗力降低或治療不徹底，則更易轉爲慢性。慢性扁桃體炎發生機理尚不清楚，但近年來基於免疫學的觀點，認爲自身變態反應爲引起慢性扁桃體的重要機制