1、西醫內治：(1)制黴菌素內服和外用。內服，每次50萬單位，每日4次。外用爲栓劑，每栓爲25萬單位。(2)氟康唑，又名大氟康，一般口服1次，150mg即可生效，但是治癒後容易復發，值得注意。(3)伊曲康唑，又名斯皮仁諾，一般每服100mg，每日2次，連服10天爲1療程。(4)特比萘芬（療黴舒）250毫克，每日1次口服，連用7天。
2、中醫內治：中醫認爲生殖器念珠菌病是由於溼熱在體內蘊結，加上外受毒邪所致。溼熱是內因，而毒邪是外因，內因、外因相互作用使病情纏綿。日久溼熱之邪必然要傷陰，出現陰傷、溼熱阻滯的虛實夾雜的證候。中醫治病特別注意不同的證候和不同的體質，給予不同的藥物。一般講，生殖器念珠菌病是以陰癢、白帶增多爲主要特徵的一種疾病，故中醫又稱本病爲帶下病、陰癢病，臨牀上常根據白帶的量、色、氣味及全身狀況予以辨證施治，一般分爲溼毒蘊結和肝腎不足兩型論治。
(1)溼毒蘊結:主要症狀爲帶下量多，色黃白，如豆渣樣，有臭味，或帶下夾有血絲，陰部瘙癢，甚至紅腫，潰爛，尿頻、尿急、尿痛，大便不爽，舌苔白膩，脈滑。這是由於溼熱之邪蘊結日久，致使生蟲成毒。溼毒蘊結傷及陰部出現諸多症狀。治療宜清熱除溼、解毒止癢。
方藥：茯苓20g豬苓10g澤瀉10g車前子10g茵陳10g白鮮皮20g鶴蝨10g蚤休30g野菊花10g白花蛇舌草30g
用法：每日一劑，水煎兩次後混合藥液，早晚分服。
方解：方中以茯苓、豬苓、澤瀉、車前子、茵陳等清熱除溼，白鮮皮、鶴蝨殺蟲止癢，蚤休、野菊花、白花蛇舌草清熱解毒。如患者伴有尿頻、尿急、尿痛等症狀可加入木通10g，滑石20g。
(2)肝腎陰虛：主要表現爲復發作，經久不愈者，白帶淡白或淡黃，量少，偶有瘙癢，伴見心煩口渴，手心發熱等。中醫認爲由於病程日久損傷肝腎，耗傷陰液，致使肝腎陰虧，治療當以滋補肝腎，殺蟲止癢，方以六味地黃湯加減：
方藥:生地15g 山藥15g 山芋肉20g 丹皮10g 丹蔘10g 蛇牀子15g 澤瀉10g 茯苓15g 白花蛇舌草30g
用法：每日一劑，水煎後混合藥液，早晚分服。
3、外治法：(1)用2％蘇打水沖洗陰道、外陰，每日1次，10次爲1療程。一般沖洗陰道後要放入陰道納藥。(2)制黴菌素粉劑、片劑、栓劑、軟膏劑塞入陰道或塗於陰部，每次10～20萬單位，每天1次，10～14天爲1療程。(3)克黴唑栓劑每次500mg納入陰道，每日3～4次，連用2周。(4)1％龍膽紫水溶液塗擦陰道及外陰，每週3～4次，連用2周。(5)蛇牀子、苦蔘各20g，煎湯外洗，每日2次，10天爲1療程。(6)木芙蓉100g，加水煎至100mL，用棉籤蘸藥液擦洗陰道，每日1次，7～10天爲1療程。(7)冰硼散加入少許甘油攪勻，清洗陰道後，用棉籤將藥粉塗於陰道內，早晚各1次。(8)黃連、青黛、牙硝各等份，共研細末，加入甘油，以棉籤塗於外陰及陰道，早晚各1次。