1.急性細菌性前列腺炎與下列疾病的鑑別診斷
(1)急性腎盂腎炎：也表現爲急性的畏寒、發熱，伴尿頻、尿急和尿痛。通常還表現爲患側腰痠、腰痛;而非恥骨上、會陰部疼痛，且無排尿困難。直腸指檢無前列腺壓痛，前列腺液檢查正常。
(2)膿腎：也表現爲急性的畏寒、發熱，伴尿頻、尿急和尿痛。還表現爲明顯的患側腰痛;而無恥骨上、會陰部疼痛，無排尿困難，直腸指檢無前列腺壓痛。前列腺液檢查正常。
(3)前列腺膿腫：也表現爲急性的畏寒、發熱.伴尿頻、尿急和尿痛，是急性前列腺炎發展的結果。經直腸B超、CT檢查可見前列腺內有液性佔位，穿刺抽出膿液可以明確診斷。
2.慢性細菌性前列腺炎與下列疾病的鑑別診斷
(1)前列腺癌：晚期也表現爲排尿不適，可有尿頻、尿急、排尿困難。直腸指檢發現前列腺質地較硬，可有結節;血清PSA明顯升高，經直腸B超可見前列腺內有不均質光團，前列腺穿刺活檢可確診。
(2)前列腺結核：也表現爲尿頻、尿急、尿痛伴尿道滴液，有下腹及會陰部疼痛。通常有泌尿生殖繫結核病史，直腸指檢可發現前列腺有不規則的結節，前列腺液中可找到抗酸桿菌。
(3)前列腺增生症：也表現爲尿頻伴排尿不暢。多發生於老年男性，以排尿不暢爲主，直腸指檢發現前列腺明顯增大，而前列腺液常規一般無白細胞。
(4)精囊炎：也表現爲尿頻、尿急、尿痛伴尿道滴液，有下腹及會陰部疼痛。常有血精，且精囊液檢查可見紅細胞和白細胞。
(5)慢性膀胱炎：也表現爲尿頻、尿急、尿痛伴有下腹及會陰部疼痛。前列腺按摩前尿液、前列腺按摩後尿液均可見白細胞，培養有細菌生長，但前列腺液檢查正常。
3.無菌性前列腺炎與下列疾病的鑑別診斷 (1)慢性膀胱炎：也表現爲尿頻、尿急、尿痛伴下腹及會陰部疼痛。但慢性膀胱炎前列腺按摩前尿液、前列腺按摩後尿液的細菌培養爲陽性，而前列腺液無細菌生長。
(2)慢性尿道炎：也表現爲尿頻、尿急、尿痛。前列腺按摩前尿液的細菌培養爲陽性，而前列腺按摩後尿液、前列腺液的細菌培養無細菌生長。