男性不育症內容較多，包括隱睾症，精索靜腺、曲張症，梗阻性無精子症、內分泌不育症、性傳播疾病、精液異常症、男性功能障礙症，免疫性不孕不育症等。因此男性不育症在治療前，應搞清病因，以求對症下藥，正確治療的前提是診斷明確和正確。男性不育的治療方法與其他系統疾病不同，對於男性不育症不可能用一種特效的藥物或方法，治癒各種不同病因所致的男性不育症。相反，由於目前還未能認清全部男性不育的病因，因此，也就尚無肯定有效的治療方法用於臨牀。目前在臨牀有一定療效的男性不育的治療方法是：
一、內分泌治療：主要應用長效激素治療促性腺激素低下的性腺功能低下症 。
二、生殖道炎症的治療：目前主張聯合應用抗生素與抗炎類藥物，治療的效果較好。
三、免疫治療：應用外科手術切除生殖管道局部的損傷病竈，減少抗精子抗體的產生，同時使用免疫製劑，可取得較好療效。
四、外科男性不育的治療：近年應用顯微外科技術治療男性生殖系疾病，是男性不育的治療技術的主要進展。現已廣泛用於臨牀的有：輸精管的顯微外科吻合術、附睾管與輸精管的顯微外科吻合術。
五、人工授精：應用各種物理和生物化學技術處理精液，提高精子受孕能力，進行夫精人工授精(AIH)。應用精液冷藏技術，對無精子症患者給予供精人工授精(AID)，但實際應用中對於供精者的選擇等尚有許多複雜問題。
六、原因不明的男性不育的治療：目前除了已經明確了病因而且有一定治療方法的男性不育症外，尚有許多原因不明，診斷不明確的少精子症和弱精子症，統稱爲原因不明的男性不育症。此種情況男性不育的治療方法繁多，但療效均不肯定，歸納有：激素、甲狀腺素、抗生素、維生素、氨基酸、微量元素等藥物以及中草藥治療，同時輔以勸告病人避免菸酒，防止精神緊張、過度疲勞以及保持正常營養和規律的生活習慣等。
最後，希望廣大男性不育症患者遵從醫生的指導合理治療。不育症屬難治疾病，切忌道聽途說，誤服補藥。應在專科醫生的指導下合理治療。適宜手術的患者應進行手術治療，適宜藥物治療的患者應堅持服藥。必要時進行人工授精等先進方法。如實在是治療無望，可按照法律程序辦理領養手續。