由於緊急避孕藥的藥劑量是常規避孕藥的十多倍，它的作用原理就是採用大計量的藥物干擾卵巢的功能，控制排卵，在體內形成不易懷孕的環境。來醫院看不孕的女性有三成是因爲內分泌紊亂造成的，而這其中幾乎有一半的女性有頻繁服用緊急避孕藥的生活史。頻繁服用可以引起卵巢早衰，提前進入更年期，失去生育能力。
婦科專家強調，緊急避孕藥只是一種應急方式，並非常規避孕措施，因此不能以緊急避孕藥作爲常規避孕手段。與其他避孕藥一樣，緊急避孕藥也是通過對正常生理狀態進行一定程度的干擾，達到避免妊娠發生的目的。只是他的藥物計量很高，一次藥量相當於正常避孕藥的八天的藥量。而他的副作用也明顯高於常規避孕藥。如果超量及頻繁使用，容易導致月經紊亂，出血，甚至引發乳腺癌、宮頸癌。
關於緊急避孕藥，最合理的服用建議是一年不要超過三次，一月不要超過兩次，因爲藥物大約三四個月纔可以通過人體代謝排除體外。
在一味的追求緊急避孕藥的方便和快捷的同時不要忘記他可能帶給你的危害。